Chúc Doãn Minh sinh năm 1461 tại huyện Thường Châu, ngày nay là Tô Châu, tỉnh Giang Tô. Tên chữ của ông là Hi Triết (希哲), và tên hiệu là Chi Sơn (枝山). Sinh ra với một bàn tay thừa ngón,[4] Chu tự xưng là "Chi chỉ sinh" (枝指生; chi chỉ sinh đề cập đến thừa ngón ở Trung Quốc).[5][6] Ông được cho là đã có thể viết thư pháp với các nhà thư pháp nổi tiếng lúc bốn tuổi và sáng tác thơ lúc 8 tuổi.[7] Ông đã trở thành một sinh viên được chứng nhận ở tuổi 16, và đã thành công trong kỳ thi cấp tỉnh năm 1492, nhưng chưa bao giờ vượt qua kỳ khoa bảng do triều đình tổ chức.